În ceea ce privește procedura de înfiinţare a sechestrului asigurător asupra navelor civile sunt reglementate mai multe derogări de la dispoziţiile de drept comun, respectiv:

1. Instanţa competentă să soluţioneze cererea de sechestru asupra unei nave civile - tribunalul locului unde se află nava, indiferent de instanţa la care a fost introdusă sau, după caz, urmează a fi introdusă acţiunea de fond. 
2. Procedura de judecată a cererii de sechestru asupra navelor civile - se desfăşoară cu citarea părţilor.
3. Termenul de exercitare a apelului împotriva încheierii de soluţionare a cererii de sechestru asigurător - curge de la pronunţare, iar nu de la comunicare.
4. Procedura de executare a sechestrului asigurător, respectiv organul competent şi modalitatea de aducere la îndeplinire a măsurii asigurătorii - executarea sechestrului asigurător se face prin imobilizarea navei de către căpitănia portului unde se află aceasta, care nu va elibera documentele necesare navigaţiei şi nu va admite plecarea navei din port sau radă. 

După încuviinţarea sechestrului asigurător, la cererea creditorului care are un privilegiu asupra unei nave, a unui coproprietar al navei sau chiar a debitorului, instanţa care a dispus măsura asigurătorie poate ordona ca nava să întreprindă una sau mai multe călătorii, stabilind în acelaşi timp toate măsurile preventive care, după împrejurări, ar fi necesare.

La cererea debitorului sau a creditorului, pentru motive temeinic justificate, sechestrul unei nave poate să fie strămutat asupra altei nave. O asemenea măsură este de competenţa instanţei care a dispus sechestrul asigurător, cererea urmând a fi soluţionată de urgenţă, în camera de consiliu, cu citarea părţilor, printr-o încheiere executorie, supusă numai apelului în termen de 5 zile de la pronunţare.

Pentru asigurarea traficului portuar şi a siguranţei civile pe durata imobilizării navei, tribunalul locului unde se află nava va putea dispune, pe calea ordonanţei preşedinţiale, măsuri urgente.

Căpitănia portului, în condiţiile legii speciale, poate opriri temporar plecarea unei nave chiar în absenţa unei hotărâri judecătoreşti.