Structura de conducere a Autorităţii Naţionale pentru Protecţia Consumatorilor este formată dintr-un preşedinte, ajutat de 2 vicepreşedinţi, numiţi prin decizie a primului-ministru. Funcţiile de preşedinte şi vicepreşedinte sunt asimilate cu funcţia de secretar de stat şi, respectiv, subsecretar de stat.
Preşedintele Autorităţii are calitatea de ordonator secundar de credite si conduce activitatea acesteia şi o reprezintă în raporturile cu Guvernul, cu ministerele, cu celelalte autorităţi ale administraţiei publice centrale şi locale, cu instituţii naţionale şi internaţionale şi cu persoane juridice şi fizice române şi străine.
În exercitarea atribuţiilor sale, preşedintele Autorităţii emite ordine şi instrucţiuni. Ordinele şi instrucţiunile cu caracter normativ se publică în Monitorul Oficial al României, Partea I, în condiţiile legii, iar vicepreşedinţii îndeplinesc atribuţiile şi însărcinările delegate de preşedinte prin ordin.
Autoritatea are în subordine, ca entităţi cu personalitate juridică, 8 comisariate regionale pentru protecţia consumatorilor şi Centrul Naţional pentru Încercarea şi Expertizarea Produselor "Larex" Bucureşti.
Comisariatele regionale pentru protecţia consumatorilor sunt organizate ca structuri teritoriale subordonate, cu competenţe limitate teritorial, şi sunt conduse de comisari - şefi. Comisarii - şefi au calitatea de ordonatori terţiari de credite şi îndeplinesc în această calitate toate atribuţii le legale care le revin pentru comisariatul regional respectiv.
Comisariatele regionale au în structură comisariate judeţene pentru protecţia consumatorilor, instituţii publice fără personalitate juridică, ce sunt coordonate de comisari-şefi adjuncţi.
Autoritatea are personal specializat pentru supraveghere şi control, având calitatea de funcţionar public, care poate lua măsuri de sancţionare, de suspendare/sistare a activităţii ca urmare a constatării încălcării legislaţiei de protecţie a consumatorilor şi a măsurilor stabilite prin procesele-verbale de constatare a contravenţiei.
În exercitarea atribuţiilor de serviciu, personalul împuternicit al Autorităţii are dreptul să aplice sigilii sau semne distinctive cu valoare de sigiliu, în condiţiile prevăzute de lege şi este învestit cu autoritatea publică a statului, pe timpul şi în legătură cu îndeplinirea atribuţiilor, precum şi a obligaţiilor de serviciu.
Personalul Autorităţii beneficiază de protecţia legii şi este apărat de orice ingerinţă sau amestec în activitatea sa, de natură să îi influenţeze libertatea de apreciere, de execuţie, de decizie sau de control si sunt obligati să păstreze secretul profesional în legătură cu aspectele tehnologice, economice şi comerciale de care ia cunoştinţă în exercitarea atribuţiilor de serviciu, conform actelor normative în vigoare.